P. nigromarginatus trưởng thành dài khoảng 8 cm. Cơ thể của P. nigromarginatus có màu xám; hơi có màu xanh lam ở trán; màu vàng ở phần vây lưng mềm, vây hậu môn và khắp đuôi. Vây ngực có đốm đen lớn ở gốc. Thường có viền đen ở đuôi và các vây. Tương đồng với loài Pomacentrus nigromanus, nhưng khác ở chỗ vây hậu môn của P. nigromanus có dải viền đen rất rộng[4].

Số ngạnh ở vây lưng: 13; Số vây tia mềm ở vây lưng: 14 - 15; Số ngạnh ở vây hậu môn: 2; Số vây tia mềm ở vây hậu môn: 14 - 15; Số vây tia mềm ở vây ngực: 17 - 18[3].

Thức ăn của P. nigromarginatus là rong tảo và và các động vật không xương sống nhỏ. P. nigromarginatus là một loài không di cư; thường sống đơn độc hoặc bơi thành các nhóm nhỏ. Cá đực có nhiệm vụ bảo vệ và chăm sóc những quả trứng[3].